GenExpress: Integrativna bioinformatska orodja
za analizo interakcij med proteini in RNA, proučevanimi z metodami CLIP in RNA-Seq

(1. 2. 2018 – 31. 1. 2020)

Genialis ima ekspertizo in uveljavljen produkt za analizo RNA-Seq podatkov. S projektom EUREKA GenExpress bomo razvili novo generacijo produkta, ki bo omogočal poglobljene analize RNA biologije ter hkrati ohranjal značilen uporabniku prijazen vmesnik. S projektnim partnerjem Lexogen bomo v projektu razvili metodo za analizo QuantSeq podatkov. Razvili bomo tudi postopke za analizo in vizualizacijo CLIP podatkov (interakcije beljakovine-RNA). V zadnji fazi bomo te raznovrstne pristope združili v enoten produkt za preučevanje molekularne biologije na nivoju RNA.

Zakaj je RNA biologija vredna našega zanimanja, in zakaj je to pomemben projekt ne le za projektne partnerje, ampak za znanost in širšo družbo v celoti? Regulacija genske ekspresije in prisotnost različnih spojitvenih variant ključno vplivajo na razvoj organizma ter nastanek bolezni, zato je pomembno razviti orodja, s katerimi bomo te pojave lahko preučevali v bazični znanosti, in na podlagi katerih bomo v prihodnje lahko snovali orodja za klinično diagnostiko in zdravljenje. Trenutno sama znanost s težavo caplja za ogromno količino podatkov, ki ostaja neizkoriščena, posledično pa nekatera zdravila in tarče zdravljenja neodkrite. S produktom, ki bo rezultat tega projekta, bomo zapolnili to vrzel.

 

+